В 1996 году компанией CompTek, созданной со стопроцентным американским участием, на выставке Internetcom было официально объявлено о существовании "Яндекса". Это была морфологическая приставка к "Альтависте", которую отличало быстродействие и умение строить гипотезы. Пословный индекс для незнакомых слов организован также, как и для словарных - этим "Яндекс" отличается от других поисковиков.

23 сентября 1997 года "Яндекс" стал интернет-проектом. Релевантность документов вычислялась в зависимости от частотных характеристик искомых слов, веса слова или выражения, близости искомых слов в тексте документа друг к другу и так далее. В октябре 1999 года в интервью "ИнфоБизнесу" Аркадий Волож указал: "Финансирование "Яндекса" всегда был icirc; не ниже сегодняшнего финансирования "Апорта". В результате, 6 июня 2000 года была представлена вторая версия системы, а нынешняя версия функционирует с 23 мая 2001 года. Ее главное нововведение, которое потребовало неизбежной перестройки ядра, - ранжирование по ссылкам. Другие нововведения относятся, главным образом, к переформулированию системой запросов пользователя: "что такое предмет" преобразуется в "предмет - это...", а если запрос начинается на слово "как", то в результатах в первую очередь пытаются выдать FAQ или иной справочный документ. Новый "Яндекс" стал "понимать" альтернативную лексику, которая входит в 5 процентов запросов. Только в последней версии Яндекса индекс цитируемости стал непосредственно использоваться поисковой машиной.

В настоящее время "Яндекс" обладает самой полной базой документов среди русских искалок, а также самой узнаваемой маркой.